Analyses phylogénétiques du SARS-CoV-2 : forces, limites et surinterprétations

Dans le cadre de la lutte contre la Covid-19, les équipes de recherche de bioinformatique de l’Institut Pasteur sont fortement mobilisées afin d’analyser les données de séquences produites dans le monde entier. Le 29 janvier 2020, l’Institut Pasteur, en charge de la surveillance des virus respiratoires en France, a séquencé intégralement le génome du coronavirus dit SARS-CoV-2, une première en Europe. Depuis, plus de 200 génomes ont été séquencés à l’Institut. Ils sont notamment utilisés dans des études de phylogéographie (retraçant la diffusion géographique du virus) et de phylodynamique (utilisant la phylogénie pour déterminer la dynamique épidémique). Ainsi, une analyse phylogénétique menée par l’Institut Pasteur sur une centaine de génomes de patients échantillonnés entre le 24 janvier et le 24 mars 2020 en France révèle plusieurs introductions initiales du SARS-CoV-2 sans transmission locale, soulignant l’efficacité des mesures prises pour empêcher la propagation du virus à partir de cas symptomatiques. Dans cette course aux connaissances, il convient pourtant de rester prudent, eu égard à la pandémie, sur des résultats scientifiques qui peuvent parfois être surinterprétés.

En savoir plus