Le C3BI

• Accueil de l’assemblée générale de l’Institut français de bioinformatique

Le 25 et 26 janvier dernier a eu lieu, à l’Institut Pasteur, l’assemblée générale de l’Institut français de bioinformatique (IFB)

L’IFB est une infrastructure nationale de service en bio-informatique issue d'un appel à propositions « Infrastructures en Biologie et Santé » du programme national des « Investissements d'Avenir ». Ce projet rassemble les principales plates-formes de bioinformatique dépendant des cinq principaux organismes publics de recherche, CNRS, INRA, INRIA, CEA et INSERM, des universités, du CIRAD, et de l’Institut Curie et l’Institut Pasteur, soit une trentaine de plates-formes regroupées en six pôles régionaux couvrant le territoire national. L'IFB a pour mission principale de fournir des services de base en bioinformatique aux chercheurs et ingénieurs des sciences du vivant. L'IFB est le nœud français de l’infrastructure de recherche européenne d’ELIXIR, dans laquelle l’Institut Pasteur est également impliqué.

Pour sa troisième assemblée générale, l’IFB a choisi l’Institut Pasteur, reconnaissant ainsi les efforts importants engagés depuis deux ans, avec la création du C3BI début 2015. Ces journées ont rassemblé près de 200 participants, qui ont pu échanger sur les principaux services proposés en France et en Europe, sur le mode de fonctionnement et de collaboration entre plates-formes et avec les chercheurs, ainsi que sur des sujets d’actualité comme la facturation des services bioinformatiques.

Connaître le programme de l’assemblée générale

39 projets ont été soumis à l’IFB, 16 ont été retenus.

Cinq d’entre eux impliquent le C3BI :

- Enhancing the CRISPRdb database and related services: CRISPR-Cas++ avec Edouardo Rocha et Philippe Glaser

- ARIA for hybrid structure determination on the cloud impliquant Michael Nilges

- NGPhylogenie.fr avec Olivier Gascuel

- Provide ready to use Galaxy analyses environment for LiFe Sciences communities, impliquant le C3BI

- Microcloud, impliquant le C3BI

 

• Mise en place des matinées portes ouvertes de la plate-forme de bioinformatique

En créant le centre de bioinformatique, biostatistiques et biologie intégrative (C3BI), l’Institut Pasteur s’est délibérément engagé dans l’ère du big data qui constitue désormais un véritable enjeu stratégique pour la recherche scientifique. Le C3BI vise à faciliter les collaborations en bioinformatique, à animer les échanges entre l’ensemble des ressources de l’Institut Pasteur et à encourager le développement d’approches informatiques inédites de l’analyse et de la modélisation des données biologiques.

Pour appuyer ces missions, la plate-forme de bioinformatique de l’Institut Pasteur, structure intégrée au C3BI, organise tous les mardis matin des portes ouvertes pour répondre aux questions du campus relatives à la bioinformatique et aux biostatistiques.

 

• Création du site web collaboratif de l’INDA

L’International Network for Data Analysis (INDA) a été créé pour fédérer et promouvoir la recherche et la formation en bioinformatique et biostatistiques au sein du Réseau international des Instituts Pasteur (RIIP). Dans le cadre de cette initiative, un nouveau type de site Web social décentralisant la communication, ouvert à l’ensemble de la communauté et, surtout, collaboratif, a été développé conjointement avec la direction des systèmes d’information (DSI). Le nouveau site web de l’INDA comporte une rubrique d’actualités publique (formations, séminaires, etc.) enrichie par des blogueurs de tout le réseau pasteurien. Il présente également un espace dédié aux projets dans lequel il est possible de créer des groupes, privés ou publics, afin de partager des données, informations et documents et de nouer des collaborations constructives. Ces groupes autorisent les communications personnelles et directes entre participants, au-delà des frontières physiques entre les différents instituts du réseau.

Ce site web fait partie du nouvel incubateur de sites web collaboratifs développé à l’Institut Pasteur, qui est ouvert à d’autres initiatives de création de communautés, à l’instar de la future communauté de biobanking pasteurienne.

 

• Lancement d’une enquête de satisfaction

Le C3BI et le Hub de bioinformatique et biostatistique (HUB Team) ont lancé le 13 mai dernier une enquête destinée à améliorer les services qu’ils proposent, renforcer les interactions auprès des unités et des plates-formes du campus et faire connaître leurs activités ainsi que les projets en cours.

Les équipes du C3BI vous remercient pour votre participation et vos réponses. L'opinion générale est très positive avec une note moyenne de 3,35 sur une échelle de 1 à 4, et près de 50 % de « pleinement satisfaits ». L'enquête permettra au C3BI et au Hub d'avancer, en communiquant toujours plus sur leur savoir-faire, actions et procédures, et en renforçant les compétences dans des domaines clés.

Accéder aux résultats de l’enquête

 

• Formations

« Introduction to data analysis »

« Nouvelles méthodes de séquençage - problèmes bioinformatiques liés aux méthodes à haut débit »

« Bioinformatics of protein-protein interactions for wet lab scientists » Programmation et scripting »

« Formation Analyse du transcriptome par RNA-Seq »

« Introduction à la phylogénie moléculaire »

« Introduction à l’analyse de données NGS »

« Cours pratique du C3BI sur le NGS », Mbour, Sénégal 2016

« Analyse de données avec R »