Servir la communauté

En février 2018, afin de répondre au besoin croissant d’outils pour mener à bien vos études cliniques et épidémiologiques, la direction des systèmes d’information (DSI) proposait un tout nouveau service : la solution e-CRF (electronic Case Report Form) REDCap.

Appuyée par un correspondant REDCap et centralisée à la DSI, cette Web application voit régulièrement l’élargissement de son utilisation au sein de la communauté scientifique pasteurienne. Créée en 2004, cette application gratuite développée par l’université de Vanderbilt, en plus de constituer un outil rapide à prendre en mains et très didactique, est accessible depuis n’importe quel poste via un navigateur Internet. Elle donne également la possibilité de collecter hors-ligne vos données via une appli mobile, y compris dans les zones non couvertes par le réseau téléphonique. Par ailleurs, REDCap respecte les standards 21 CFR Part 11 de l’American Food and Drug Administration (FDA).

Ainsi, en 2018, ce sont 172 utilisateurs, 24 projets en production, 39 projets en développement et 9 équipes de recherche qui se sont appuyés sur cette solution offrant des données sécurisées et stockées à l’Institut Pasteur.

Ce déploiement effectif a permis à l’Institut Pasteur d’être représenté lors de la conférence annuelle REDCap, organisée par l'université de Vanderbilt et destinée aux administrateurs REDCap et qui se tenait l’été dernier à Chicago. Plusieurs représentants issus de l'équipe Évolution du SI scientifique et de gestion de la DSI et de l'unité Malaria : parasites et hôtes du département Parasites et insectes vecteurs, également rattaché au Hub de bioinformatique et de biostatistique du C3BI étaient présents à ce rendez-vous incontournable.

En plus de faire connaître au consortium international l'utilisation grandissante de REDCap au sein de l'Institut Pasteur, cette conférence a été l'occasion de présenter un cas d'utilisation concernant un essai clinique sur le paludisme aux îles Salomon (essai ACT-Radical). Ce cas d'utilisation illustre bien comment aborder la collecte électronique de données épidémiologiques dans un environnement où l’accès à internet ne peut pas être assuré en permanence. L’utilisation de l'application mobile REDCap et de son mode hors-ligne permet de pallier les problèmes de couverture réseau. L’application propose également une approche multi-projets pour gérer des phases d'études concomitantes menées par différentes équipes.

Lors de cette conférence, l'équipe Évolution du SI scientifique et de gestion a également organisé et animé pour la première fois un atelier francophone au sein du consortium international. Parmi les différents points abordés, une réflexion a été menée au sujet de la gestion des traductions REDCap, et une collaboration a commencé avec le groupe hispanophone afin de proposer un outil de traduction standardisé multi-langues.

Plus d'informations

Accéder au support présenté à la conférence

• Contact : redcap@pasteur.fr

• Diva, une plateforme logicielle inédite « dimensionnée » pour vos analyses d’images complexes en réalité virtuelle

• Une nouvelle lignée de souris humanisées pour l’étude des réponses immunitaires humaines in vivo

L’étude des réponses immunitaires mises en œuvre lors d’une infection par un agent pathogène ou au cours de pathologies inflammatoires constitue un enjeu majeur de recherche dont l'objectif final est de parvenir jusqu’à l’élaboration de traitements thérapeutiques adaptés. Plusieurs équipes de l’Institut Pasteur/Inserm/CNRS, en collaboration avec un laboratoire de l’université de Bâle (Suisse) et une équipe de l’IUH (Paris), ont franchi une étape importante dans ce domaine en établissant un nouveau modèle de souris humanisées capables de développer des ganglions lymphatiques fonctionnels.

Les réponses immunitaires sont orchestrées dans les ganglions lymphatiques, localisés de manière stratégique dans le tissu lymphoïde pour permettre une interaction optimale entre les lymphocytes T et B et l’obtention d’une réponse cellulaire et humorale la plus efficace possible.

Jusqu’à présent, l’équipe de recherche de l’unité Immunité innée, dirigée par James Di Santo, disposait  d’un modèle préclinique préalablement décrit, constitué de souris immunodéficientes greffées avec des cellules souches hématopoïétiques humaines (souris HIS), chez lesquelles ils ont pu observer que les cellules immunitaires innées et adaptatives humaines se développent normalement. Cependant, les ganglions lymphatiques demeurent absents car les signaux initiant leur développement n’existent pas chez les souris immunodéficientes utilisées pour la greffe. Ainsi, bien que les lymphocytes B et T se développent chez les souris HIS, ces cellules n’interagissent pas dans les structures ganglionnaires, produisant des réponses immunitaires sous-optimales.

Des travaux précédents menés par des collaborateurs de l’université de Bâle avaient toutefois montré que la cytokine « thymic stromal-derived lymphopoietin » (TSLP) induisait le développement des ganglions lymphatiques au cours de la vie fœtale. Poursuivant dans cette voie, Yan Li, de l’unité Immunité innée, a pu montrer que l’expression de la TLSP chez des souris HIS rendait possible le développement de l’ensemble des ganglions lymphatiques, permettant ainsi d’analyser leur rôle spécifique au cours des réponses immunitaires humaines.

Parmi les résultats les plus remarquables obtenus avec ce nouveau modèle murin humanisé, les chercheurs de l’unité Immunité innée ont observé que les souris HIS ayant développé des ganglions ont généré des réponses cellulaires et humorales après immunisation, établissant ainsi un modèle préclinique pour des études vaccinales. De plus, les ganglions constituant un des réservoirs du VIH, le modèle se révèle précieux pour disséquer la phase latente du VIH dans ces réservoirs ganglionnaires, et pour tester des thérapies curatives du VIH.

Coordonnés par James Di Santo, ces travaux ont pu, notamment, être réalisés grâce à une approche pluridisciplinaire et collaborative entre plusieurs équipes de l’Institut Pasteur spécialisées dans la réponse anticorps (Hugo Mouquet), l’imagerie dynamique (Philippe Bousso), l’histopathologie (Grégory Jouvion), la zootechnie (Franck Bourgade) et l’étude du VIH (Olivier Schwartz).

Cette nouvelle lignée de souris HIS constitue une avancée majeure dans l’étude des réponses immunitaires humaines in vivo et apporte ainsi un nouvel outil dans l’arsenal déjà fourni des modèles de souris humanisées. Leur utilisation devrait se révéler très fructueuse aussi bien en recherche fondamentale que translationnelle, et pourrait contribuer à l’élaboration de traitements plus efficaces pour de nombreuses infections et pathologies inflammatoires touchant des millions de patients à travers le monde.

• Pour en savoir plus et bénéficier de tels modèles, vous pouvez contacter James Di Santo.