26 juillet 2024
Bulletin interne de l'Institut Pasteur
GenEpiBioTrain : formation en épidémiologie génomique et bioinformatique de la santé publique dans l'UE/EEE, les Balkans occidentaux et la Turquie
L'Institut Pasteur est l'un des 6 membres du consortium GenEpi-BioTrain, un programme interdisciplinaire de quatre ans financé par l'ECDC pour renforcer la surveillance, la préparation et les capacités de réponse aux épidémies. Ce projet inclut d'autres instituts hôtes comme le Technical University of Denmark (Danemark), Statens Serum Institute (Danemark), Research Center Borstel (Allemagne), Karolinska University Hospital et Institutet (Suède) et Finnish Institute for Health and Welfare (Finlande).
Ce projet propose des formations sur l'interprétation des données de séquençage des pathogènes, la génomique microbienne, la bioinformatique, la surveillance épidémiologique, et plus encore, à des professionnels européens de divers horizons et domaines liés à la microbiologie de la santé publique. Aucune formation préalable en biologie computationnelle et bioinformatique n'est requise pour postuler à ce programme de formation.
À travers diverses activités de formation, notamment des ateliers de deux semaines, des sessions en présentiel de trois jours, des visites d'échange et des sessions de formation virtuelle, ce projet vise à améliorer les connaissances et les compétences des participants en bioinformatique de la santé publique et en épidémiologie génomique.
Les détails sur la formation sont disponibles sur le site web de l'Institut Pasteur : GenEpi-BioTrain programme et sur la plateforme ECDC Virtual Academy (EVA) : GenEpi-BioTrain Common. (Pour accéder aux sessions de formation en ligne, vous pouvez vous inscrire gratuitement sur la plateforme virtuelle de l'ECDC (EVA). Les enregistrements des formations en ligne sont disponibles sur la plateforme EVA et peuvent être consultés même après la fin de la formation).
De nombreux rendez-vous ont d’ores et déjà jalonné le programme depuis son lancement et d’autres se préparent pour le second semestre 2024 auquel vous pouvez participer. Focus sur les temps forts passés et à venir :
Activités de formations passées
Depuis le début du programme GenEpiBioTrain à l'Institut Pasteur, une formation de trois jours intitulée “Phylogeny for Food- and Waterborne Diseases” et un atelier de deux semaines intitulé “Interdisciplinary Genomic Epidemiology and Public Health Bioinformatics (Wave 3 – Food- and Waterborne Diseases)” ont eu lieu sur le campus.
La formation de trois jours “Phylogeny for Food- and Waterborne Diseases” a été délivrée en avril dernier auprès de 10 bioinformaticiens provenant d'instituts de santé publique européens.
Cet atelier a permis aux participants de réaliser des analyses phylogénétiques standards dans le cadre de la surveillance des maladies d'origine alimentaire et hydrique et de l'investigation des épidémies. Les participants ont acquis des connaissances théoriques notamment sur les principes de l'analyse phylogénétique et des compétences pratiques pour effectuer, analyser et interpréter des arbres phylogénétiques.
Dirigé par Julien Guglielmini, expert en phylogénie et génomique comparative, ce cours a fait intervenir Anna Zhukova (experte en nouvelles méthodes phylogénétiques) et Alexandra Moura (experte en génomique des populations pour Listeria). Cette formation a été notée 8,6 sur 10 par les participants. Tous les participants recommanderaient fortement ces sessions de formation à leurs collègues.
Des informations complémentaires sur cet atelier sont disponibles sur EVA :
GenEpi-BioTrain - Topical training: Phylogeny for food- and waterborne diseases.
L’atelier de deux semaines “Interdisciplinary Genomic Epidemiology and Public Health Bioinformatics (Wave 3 – Food- and Waterborne Diseases)” s'est tenu en mai 2024 pour 29 professionnels de la santé publique de dix pays de l'UE/EEE, représentant des équipes nationales collaboratives d'épidémiologistes, de microbiologistes et de bioinformaticiens.
Cet atelier s'est concentré sur Listeria monocytogenes, Salmonella enterica et d'autres pathogènes d'origine alimentaire, notamment Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae. Les participants ont exploré comment l'interprétation interdisciplinaire des résultats génomiques peut améliorer les efforts de prévention et de contrôle des maladies infectieuses.
Le directeur du cours était Pr. Sylvain Brisse (chef du CNR Diphtérie, chef du CNR Coqueluche, expert en Klebsiella et taxonomie des souches bactériennes). Chiara Crestani (experte en taxonomie des souches bactériennes et Corynebacteria) était la co-directrice de cours et Carla Rodrigues (directrice adjointe du CNR Coqueluche) était la coordinatrice des sessions pratiques. Des intervenants nationaux et internationaux de renom ont été invités à ce cours, parmi lesquels Martin Maiden (Université d'Oxford), Nabil Alikhan (Université d'Oxford), Gabriele Arcari (Université Sapienza), François Lebreton (Walter Reed Army Institute of Research), Alexandra Moura (Institut Pasteur), Julien Guglielmini (Institut Pasteur), François-Xavier Weill (chef du CNR Salmonella, E. coli et Shigella, Institut Pasteur), Marc Lecuit (chef du CNR Listeria, Institut Pasteur) et bien d'autres.
Les participants ont noté ce cours 7,4 sur 10. Parmi les 26 participants, 22 ont amélioré leurs connaissances entre le premier et le dernier jour de l'atelier, comme l'a montré un questionnaire pré et post-formation. Ils recommanderaient fortement ce cours à leurs collègues et étaient très satisfaits de la formation..
Des informations détaillées sur cet atelier sont disponibles sur EVA :
GenEpi-BioTrain - Interdisciplinary training in genomic epidemiology and public health bioinformatics on food- and waterborne diseases.
Une formation virtuelle sur Waterborne Disease (Leptospirosis) and Water Surveillance a été organisée les 22 et 24 juillet derniers.
Cette formation virtuelle a été délivrée par Mathieu Picardeau (chef du CNR Leptospirose), Jean-François Mariet (expert en microbiologie moléculaire de la leptospirose, Institut Pasteur), Florence Ayral (experte en leptospirose animale et surveillance animale, VetAgro Sup), Laurent Moulin (chef de laboratoire R&D à Eau de Paris) et Sébastien Wurtzer (ingénieur expert en outils de détection moléculaire virale pour la surveillance de l'eau à Eau de Paris).
Au moins 300 personnes se sont inscrites à cette formation virtuelle, et entre 150 et 200 ont assisté au webinaire. Cette formation virtuelle a été bien notée par les participants et peut être considérée comme un succès.
Informations détaillées sur cette formation disponibles sur EVA : GenEpi-BioTrain - Virtual training 8 - Waterborne disease and Water Surveillance.
Aperçu de toutes les formations virtuelles GenEpi-BioTrain sur EVA :
Les enregistrements des formations virtuelles sont disponibles sur la plateforme EVA et peuvent être consultés même après la fin de la formation.
* GenEpi-BioTrain - Virtual training 02: From sequencer to polished reads for bacteria
* GenEpi-BioTrain - Virtual training 05: Bacterial genome assembly and quality control
* GenEpi-BioTrain - Virtual training 06: Introduction to SARS-CoV-2 wastewater analysis
* GenEpi-BioTrain - Virtual training 07: Phylogenetics and alignments
Activités de formation à venir dans le cadre du projet GenEpi-BioTrain
Les sessions de formation virtuelle dirigées par l'Institut Pasteur auront lieu fréquemment jusqu'à l'été 2025. Par la suite, ces sessions continueront d'être organisées par d'autres instituts du consortium inclus dans ce projet.
Début septembre 2024, une formation virtuelle sur “Health Risks in Seafood Products” est prévue et sera annoncée en août.
Début octobre 2024, une visite d'échange d'une semaine avec cinq participants aura lieu. Le programme de ces visites s'articule autour de l'analyse des propres données des participants. Par conséquent, le programme est personnalisé pour répondre aux besoins individuels des participants et s'aligne sur les objectifs du projet GenEpi-BioTrain. Ces visites d'échange favorisent également le réseautage entre les participants et les formateurs, créant ainsi des connexions précieuses pour de futures collaborations. Il est attendu que les participants diffusent les connaissances acquises lors des visites d'échange à leurs collègues dans leurs pays respectifs.
Début novembre 2024, une formation de trois jours sur “Phylogeny for Vaccine-Preventable Diseases” est prévue.
Cette formation sera suivie début décembre 2024 d'un atelier de deux semaines sur “Interdisciplinary Genomic Epidemiology and Public Health Bioinformatics (Wave 4 – Vaccine-Preventable Diseases)”. Cet atelier explorera les techniques de surveillance et d'investigation des épidémies pour des pathogènes tels que Neisseria gonorrhoeae et N. meningitidis.
Le projet se poursuivra en 2025 avec une variété d'activités de formation, incluant des sessions virtuelles, des formations de trois jours et des visites d'échange d'une ou deux semaines. Des détails supplémentaires et des annonces seront fournis à mesure que les dates approchent.
Inscription et participation
Pour vous inscrire aux ateliers de deux semaines, aux formations de trois jours et aux visites d'échange, vous pouvez contacter Justine Schaeffer et/ou Mathieu Tourdjman du point focal national français et/ou ECDC.Microbiology@ecdc.europa.eu.
Contacts et questions
Équipe GenEpi-BioTrain à l'Institut Pasteur: gebt@pasteur.fr
Équipe GenEpi-BioTrain à l’ECDC: ECDC.Microbiology@ecdc.europa.eu