27 mars 2020
Bulletin interne de l'Institut Pasteur
Plateformes, unités de technologie et de service et équipes de recherche : ensemble dans la réponse face au SARS-CoV-2
L’Institut Pasteur à Paris et le Réseau International des 32 Instituts Pasteur se sont mobilisés très tôt pour répondre par la science à la pandémie d’infection par le coronavirus SARS-CoV-2.
Dès janvier, une Task Force réunissant les équipes de recherche et les services supports concernés a été mise en place. Elle soutient le lancement de 16 projets et coordonne notamment les recherches de l’Institut Pasteur autour de quatre axes scientifiques :
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Connaissance du virus et de sa pathogénèse
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Développement de nouveaux outils diagnostics, recherche d’anticorps à potentiel thérapeutique
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Développement de vaccins
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Épidémiologie et modélisation permettant d’évaluer les stratégies de contrôle de l’épidémie
Aujourd’hui, 14 plateformes (PF) et unités de technologie et de service (UTechS) du C2RT et du C2RA sont actuellement impliquées et se mobilisent aux cotés des équipes de recherche pour faire avancer ces projets et pour en proposer de nouveaux avec elle.
Elles continuent de mettre en œuvre leurs expertises et savoir-faire, et en particulier dans les domaines suivants : les omics, le profilage cellulaire, l’imagerie multi-échelle, la conception, la production, l’analyse et caractérisation de biomolécules, technologies de criblage à haut débit et à haut contenu, la microfluidique et les organes sur puces, la génération de modèles animaux et la gestion des données cliniques.
Sur place ou en télétravail, les équipes maintiennent également l’accès à leurs équipements en mode autonome, selon les consignes applicables, pour les projets prioritaires. L’animalerie centrale, quant à elle, s’est réorganisée pour accueillir tous les projets ayant recours aux modèles animaux tout en garantissant la protection des intervenants, la sécurité biologique pour l’environnement et dans le respect des règles éthiques.
Les PF et UTechS sont également partenaires, parfois coordinateurs, dans plusieurs projets déposés ou en cours de montage auprès de financeurs nationaux, européens et internationaux en réponses aux appels à projets lancés face au COVID-19.
Quelques exemples de PF et UTechS impliquées dans la lutte face au SARS-CoV-2 :
- Connaissance du virus et de sa pathogénèse
Plusieurs membres de l’équipe du projet « Coronafusion » « Fusion du SARS-CoV-2, réplication et réponses de l'hôte » travaillent sur le système d’imagerie à haut contenu Opéra Phenix de la plateforme Bioimagerie photonique (PBI). Par ailleurs, un modèle de « poumon-sur-puce », accessible grâce à l’Organ-on-chips center de la plateforme de biomatériaux et microfluidique (BMcf), sera également utilisé pour étudier les mécanismes d’entrée du virus dans les cellules épithéliales de ces tissus.
L’objectif du projet « CoronaFusion » est d’analyser dans les cultures de cellules et chez des souris modèles le rôle de l’interféron et des « IFITM » (protéines transmembranaires induites par l’interféron) sur la réplication et la pathologie du virus SARS-CoV-2.
- Développement de test diagnostics
Dans le domaine du développement de nouveaux outils diagnostics et recherche d’anticorps à potentiel thérapeutique, la plateforme Ingénierie des anticorps, coordonne le projet « CORONABODIES » pour la production d’antigènes recombinants de nucléoprotéine (N) et protéine Spike (S), du virus SARS-CoV-2, et génération de nano-anticorps (nanobodies) anti-N et anti-S pour des applications diagnostiques et thérapeutiques ». La plateforme de biophysique moléculaire prend en charge les contrôles qualité et la caractérisation biophysique des protéines N et S produites par la plateforme de production de protéines recombinantes.
L’objectif du projet CORONABODIES est de développer des tests diagnostics rapides et fiables de l’infection pouvant être effectués en quelques minutes à tout moment et en tout lieu, en dehors des laboratoires de recherche, ainsi que de tests sérologiques pour pouvoir surveiller quasiment en temps réel la propagation de l’épidémie et aider à la mise en œuvre des mesures d’atténuation.
- Candidats vaccin
Les technologies de l’UTechS Cytométrie et biomarqueurs sont impliquées dans le projet « VAC-NAB- COV ».
Les objectifs de ce projet sont de développer le plus rapidement possible : a) un test in vitro pour détecter et quantifier les anticorps neutralisants anti-SARS-CoV-2, tout en contournant la manipulation dangereuse du virus, test qui servira notamment à démontrer la faisabilité des candidats vaccins (« preuve de concept ») et b) un candidat-vaccin prophylactique contre le SARS-CoV-2, basé sur des vecteurs vaccinaux lentiviraux.
- Candidats vaccin
La plateforme technologique Biomics travaille sur plusieurs projets de séquençage liés au Covid-19 dont le projet « SCARD SARS-CoV-2 », plus particulièrement sur la partie « développement accéléré d’un candidat vaccin à ADN ». Les pipelines d’analyse bio-informatiques de la plateforme sont mis à jour en temps réel pour répondre aux besoins spécifiques de ces projets.
L’objectif de ce projet est de développer un modèle de souris pour l’infection par SARS-CoV-2 et d’évaluer l’immunogénicité (capacité à induire une réaction immunitaire spécifique) et l’efficacité (capacité de protection) de candidats vaccins à base d’ADN.
- Recherche Épidémiologique
La plateforme de Data Management accompagne le projet « CORSER - Étude séro-épidémiologique du virus SARS-CoV-2 en France » pour la constitution d’une collection d’échantillons biologiques humains. Elle intervient sur l’organisation de la gestion des données cliniques afin de collecter des données de qualité, exploitables et pour faciliter leurs partages et leurs réutilisations futures.
Ce projet a pour objectif de détecter la présence d’anticorps spécifiques anti-SARS-CoV-2 chez différentes populations, soit ayant effectué un séjour en Chine dans les semaines ayant précédé le début de l’épidémie, soit ayant présenté une suspicion d’infection à SARS-CoV-2. Le but est de comprendre : quand et comment s’est effectué le passage de l’animal à l’homme, quand la circulation virale chez l’homme a commencé en France, quelle est la période de contagiosité ou encore quel est le pourcentage de formes asymptomatiques ou peu symptomatiques.