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En décembre 2024, l’Institut Pasteur lançait un appel à candidatures international pour la création de nouveaux groupes à 5 ans dont les axes de recherche devaient faire écho au plan stratégique Pasteur 2030, en identifiant quatre thématiques prioritaires :

• Vaccinologie et immunothérapies ;
   
• Maladies infectieuses, avec un intérêt particulier pour la résistance antimicrobienne, la chimie médicinale et la biologie chimique ;
   
• Neuro-immunologie et neuro-développement ;
   
• Santé maternelle et infantile (immunologie, infection, grossesse et développement).

À cette occasion, et de façon exceptionnelle, plus de 200 candidatures depuis les quatre coins du globe, ont été déposées. Le conseil scientifique a souligné le niveau exceptionnel de ces candidats. À l’issue du processus de sélection, qui s’est clos par l’audition d’un nombre restreint de candidats par le conseil scientifique, la direction générale a retenu quatre scientifiques pour leur permettre la création de leur futur groupe à 5 ans au sein du campus pasteurien.

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« Ces jeunes chercheurs que nous aurons l’immense plaisir d’accueillir sont l’avenir de l’excellence pasteurienne ! Utilisation de l’IA pour le développement de vaccins, approche single-cell pour mieux comprendre la transmission de pathogènes par les moustiques, décryptage des étapes clés du développement cérébral, impact du vieillissement sur notre système immunitaire et le développement de maladies liées à l’âge... Autant de projets enthousiasmants, venant concrétiser les priorités de notre plan stratégique, qui vont poursuivre leur développement sur notre campus grâce au dynamisme et à la créativité d’une nouvelle génération de chercheuses et chercheurs. L'installation de quatre nouvelles équipes témoigne de notre engagement crucial pour renouveler l'excellence de la science pasteurienne. »

Yasmine Belkaid, directrice générale

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« Ce nouvel appel à candidatures a attiré un très grand nombre de candidatures de qualité, qui illustre l’attractivité de notre campus et de la science qui s’y mène. Les quatre nouvelles équipes que nous allons accueillir vont venir enrichir notre communauté par leur dynamisme et leur curiosité scientifique. Bienvenue à cette nouvelle génération de Pasteuriens ! »

Patrick Trieu-Cuot, directeur aux affaires scientifiques
Didier Mazel, directeur des carrières et de l’évaluation scientifique

Soulignant l’excellence et l’attractivité de l’Institut Pasteur tout autant que les nouveaux talents scientifiques à accompagner, ces nouvelles entités seront donc dirigées par :

Spyros Lytras, responsable du G5 Évolution et conception des antigènes

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Virologiste de formation, Spyros Lytras développera un projet rattaché à l’axe « Vaccinologie et immunothérapies ». L’objectif principal de ce G5 visera à créer un modèle innovant fondé sur des outils d’intelligence artificielle pour la conception de vaccins.

La plupart des agents pathogènes présentent à leur surface des protéines qui sont reconnues par le système immunitaire de l’organisme infecté et préparent celui-ci à produire des anticorps le protégeant contre de futures infections. Le principe des vaccins repose sur l’introduction de ces protéines afin d’activer une réponse immunitaire avant une infection par le pathogène. Cependant, les réponses en anticorps sont spécifiques à la protéine reconnue par le système immunitaire et les agents pathogènes acquièrent fréquemment des modifications de leurs protéines de surface pour échapper à l’immunité préexistante.

Comprendre quelles parties de ces protéines peuvent être modifiées est essentiel pour concevoir de meilleurs vaccins, capables d’induire une immunité plus forte et plus large. Pourtant, les interactions entre ces molécules sont complexes et difficiles à capturer avec les méthodes existantes.

Ce nouveau groupe à 5 ans appliquera les dernières avancées de l’intelligence artificielle (IA) pour étudier les protéines de surface des agents pathogènes. La même technologie IA qui a révolutionné le traitement du langage naturel, avec des exemples populaires tels que ChatGPT et d’autres assistants IA, peut également être utilisée pour décoder le “langage” des protéines. Là où des outils comme ChatGPT prédisent quel mot est le plus probable dans une phrase, Spyros Lytras souhaite développer des outils pour prédire quel acide aminé devrait se trouver à un endroit précis d’une protéine.

Ces modèles IA innovants seront utilisés pour étudier à la fois la séquence des protéines et leur structure tridimensionnelle. La combinaison de ces deux aspects permettra de mieux comprendre les propriétés des protéines pathogènes et, in fine, de concevoir de nouvelles molécules capables de stimuler le système immunitaire pour produire des anticorps à large spectre, capables de cibler de nouveaux agents pathogènes ou des variants d’agents connus. 

Ce G5 débutera au printemps 2026.

Sarah Hélène Merkling, responsable du G5 Immunité et infection des insectes (3i)

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Actuellement chercheuse au sein du département Virologie, Sarah Merkling mène des recherches à l’interface entre entomologie, virologie et parasitologie. Son futur groupe à 5 ans intègrera l’axe « Maladies infectieuses ».

Ce nouveau G5 cherchera à comprendre comment les moustiques interagissent avec les virus qu’ils peuvent transmettre à l’homme. Plutôt que d’étudier le corps entier du moustique, le groupe va développer des approches dites “single cell” (à l’échelle d’une cellule unique) pour comprendre pourquoi certains moustiques permettent facilement aux virus de se développer et de se propager, tandis que d’autres sont capables de les combattre. L’enjeu sera d’établir des stratégies innovantes pour prévenir les maladies transmises par les moustiques et protéger la santé publique à l’échelle mondiale.

Ces recherches seront menées autour de trois objectifs principaux :

• Déterminer ce qui rend une cellule de moustique favorable ou hostile au virus. Il s’agira de comparer les moustiques infectés à ceux qui ne le sont pas afin d’identifier les facteurs clés à l’intérieur des cellules pour envisager de modifier les moustiques afin qu’ils ne puissent plus héberger le virus, interrompant ainsi sa transmission ;
   
• Découvrir les « portes d’entrée » utilisées par le virus pour pénétrer dans les cellules de moustique, notamment dans l’intestin. Si ces points d’entrée peuvent être bloqués, le virus aurait beaucoup plus de difficulté à infecter l’insecte, réduisant potentiellement la propagation des maladies. Ces portes pourraient servir au développement d’un nouveau type de vaccins capable de bloquer les virus chez les moustiques ;
   
• Étudier comment les virus changent et évoluent en passant par le corps du moustique. Comprendre ce processus permettrait aux chercheurs de mieux appréhender l’adaptation du virus et d’identifier des moyens pour perturber son cycle de vie.

Ce G5 débutera en janvier 2026.

Morgane Thion, responsable du G5 Neuroimmunologie développementale à l'interface materno-fœtale, CNRS

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Ce nouveau G5 s’inscrit à la fois dans l’axe « Neuro-immunologie et neuro-développement » et l’axe « Santé maternelle et infantile ». Actuellement cheffe d’équipe au Collège de France, Morgane Thion s’intéresse à la microglie, une population particulière de cellules immunitaires présentes dans le cerveau qui joue un rôle crucial dans le développement cérébral. Si la microglie est connue pour façonner les connexions entre les neurones, des preuves récentes suggèrent qu'elle pourrait également aider à établir et à maintenir la barrière hémato-encéphalique (BHE), véritable filtre sélectif, hautement spécialisé, qui protège le cerveau des substances nocives. Lorsque la BHE ne se forme pas correctement ou est affaiblie, elle peut contribuer à divers troubles cérébraux (troubles du spectre autistique, maladie d'Alzheimer). Cependant, les scientifiques ne comprennent pas encore pleinement comment la BHE se développe pendant la grossesse et quels facteurs influencent sa maturation. 

Pour comprendre la relation mutuelle entre la microglie et la BHE, l’équipe de Morgane Thion utilisera en particulier des techniques d'imagerie avancées et des outils génétiques pour étudier comment la microglie interagit avec les vaisseaux sanguins et contribue à la formation de la BHE, et comment la BHE, à son tour, participe au développement de la microglie. L’équipe étudiera également comment le microbiote de la mère affecte le développement du cerveau fœtal.

En mettant à jour ces processus biologiques précoces, une telle recherche transdisciplinaire vise à éclairer les étapes du développement cérébral et à identifier de nouvelles façons de soutenir la santé maternelle et fœtale. À l'avenir, ces connaissances pourraient aider à concevoir des stratégies pour protéger le cerveau en développement, réduisant potentiellement le risque d'altérations neurologiques plus tard dans la vie.

Ce G5 débutera au printemps 2026.

Nader Yatim, responsable du G5 Biologie myéloïde pour le vieillissement et la maladie

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Médecin-chercheur ayant effectué sa thèse à l’Institut Pasteur, Nader Yatim est actuellement en post-doctorat à la Icahn School of Medicine at Mount Sinai à New York (États-Unis). Répondant à l’axe « Vaccinologie et immunothérapies », ses travaux viseront à mieux comprendre l’impact du vieillissement sur notre système immunitaire pour mieux combattre l'inflammation. Avec l'âge, le système immunitaire s'affaiblit, rendant l’organisme plus vulnérable aux infections, aux cancers et aux maladies chroniques comme les maladies cardiaques. Il est désormais établi que le vieillissement affecte la production de cellules sanguines et immunitaires, en partie à cause des mutations génétiques qui s'accumulent avec le temps. Les travaux menés par le G5 dirigé par Nader Yatim se concentreront sur un facteur caché qui pourrait accélérer ce processus - les éléments transposables (ET), d'anciennes séquences présentes dans notre ADN qui peuvent influencer l'activité des gènes et l'inflammation.

L’équipe étudiera le rôle de ces ET dans les cellules souches sanguines au cours du vieillissement pour comprendre leur impact sur le déclin immunitaire. Elle étudiera également comment les mutations génétiques influencent l'expression des ET pour entraîner une inflammation chronique, un facteur clé dans de nombreuses maladies liées à l'âge.

En collaboration avec des cliniciens, une analyse sera portée sur des patients qui développent des maladies inflammatoires systémiques à un âge avancé pour comprendre si ces changements génétiques et moléculaires sont à l'origine de l'inflammation. L’objectif à long terme est de développer des traitements innovants qui peuvent ralentir ou même inverser le vieillissement immunitaire, améliorant la qualité de vie des personnes âgées. En faisant le pont entre la science fondamentale et les applications cliniques, cette recherche pourrait ouvrir la voie à de nouvelles stratégies pour prévenir les maladies liées à l'âge et prolonger la durée de vie en bonne santé.

Ce G5 débutera dans un an.

La direction de l’Institut Pasteur renouvellera ce processus chaque année pour accompagner le plan stratégique et ses enjeux scientifiques.