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Le réseau européen de surveillance des gènes de résistance aux antimicrobiens (EURGen-Net) est un élément structurel majeur pour la surveillance génomique des bactéries multirésistantes et, de fait, un acteur clé pour la santé publique. Il est coordonné par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).  

Cette surveillance européenne basée sur l’épidémiologie et le séquençage des génomes entiers vise, en particulier, à définir la répartition géographique ainsi que la dynamique des clones multirésistants et à caractériser les éléments de résistance transmissibles. Ce dispositif doit permettre d'éclairer les politiques d'évaluation des risques, de prévention et de contrôle et d'aider les pays européens à développer leurs capacités techniques et leurs compétences en matière de surveillance génomique des bactéries multirésistantes à potentiel épidémique.
 
Une biobanque de référence au cœur de l’Institut Pasteur

Pour répondre à ces enjeux de santé publique, EURGen-Net s’appuie actuellement sur la participation de laboratoires nationaux de référence (CNR) ou laboratoires équivalents issus de 34 pays européens. 

Depuis désormais deux ans, l’ECDC, dans le cadre d’EURGen-Net, fait appel, par voie contractuelle, à l’expertise du centre de ressources biologiques de l’Institut Pasteur (CRBIP) placé sous la direction de Fay Betsou. Reconnu et missionné en tant que biobanque centrale experte, le CRBIP centralise, purifie et analyse les isolats bactériens en provenance de 34 pays européens pour deux groupes de pathogènes : Acinetobacter baumannii et Klebsiella pneumoniae, bactéries devenues résistantes à la classe antibiotique des carbapénèmes et/ou à la colistine (pour en savoir plus, lire l’encadré plus bas dédié à ces souches bactériennes). Un troisième groupe, Pseudomonas aeruginosa, va suivre en 2027. 

La prise en charge des échantillons bactériens est opérée par l’équipe de la Collection de l’Institut Pasteur (CIP), abritée au sein du CRBIP et dirigée par Meriem Paris. Les scientifiques de cette entité unique à l’institut assurent ainsi une succession d’étapes incontournables à partir de méthodes normées et de technologies bio-informatiques innovantes qui incluent :

• la réception des isolats,  

• leur analyse et identification par spectrométrie de masse,  

• la caractérisation de leurs profils de résistance sur un panel cible d’antibiotiques,  

• leur mise à disposition auprès d’un partenaire de séquençage, missionné par l’ECDC, pour une analyse du génome entier,

• le stockage et la préservation pour le compte de l’ECDC de l’ensemble des isolats.

Cette organisation permet ainsi de disposer d’échantillons parfaitement caractérisés et purifiés, dans le respect des normes de sécurité sanitaire et environnementale et des lois et réglementations en vigueur. Ces méthodologies et leurs déploiements portent aujourd’hui le CRBIP, et l’ensemble de ses entités, à une position unique au niveau national, européen mais aussi international, en tant que biobanque transdisciplinaire de référence. Ces activités s’illustrent par un nombre conséquent de travaux à la paillasse, d’analyses bio-informatiques et génèrent de nombreuses données.

Des chiffres qui traduisent une activité continue et soutenue pour mettre à disposition les souches d’intérêt 

Dans le seul contexte du réseau EURGen-Net, le CRBIP, via la CIP, cumule plusieurs milliers d’isolats et autant d’analyses à mener sur plus de 2 000 génomes prêts à être séquencés. Les séquences sont ensuite transmises à l’ECDC pour analyse avec, pour finalité, de les rendre publiques, en écho au principe de l’Open Science. 

Retrouvez ici quelques chiffres clés
 

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À l’occasion de ce projet, le groupe de bio-informatique GIPhy du CRBIP a développé une méthode d’analyse in silico originale et innovante pour la détection de contaminations. Testée dans un grand nombre de cas de figures, ce pipeline informatique permet de signaler la présence d'une souche contaminante jusqu'à des échelles relativement fines, e.g. < 5% de contamination par un génome très proche (ANI > 98%).
Grâce à son expertise, ses travaux et ses méthodes innovantes, le CRBIP répond efficacement aux besoins et exigences du réseau EURGen-Net et offre ainsi une véritable réactivité pour contribuer à la lutte contre l’antibiorésistance et la multirésistance bactérienne. Il s’agit bien de répondre à la fois à un défi sanitaire, épidémiologique, de santé publique mais aussi scientifique.

Parallèlement, et pour une gamme plus large de bioressources, le CRBIP poursuit sa mission qui consiste à préserver et rendre accessibles, à des fins de recherche, de formation et de contrôle de qualité, des bioressources microbiennes (bactéries, champignons, virus) et humaines, qu’elles soient historiques ou nouvellement collectées. Ce volume important d’échantillons parfaitement caractérisés constitue un matériel biologique extrêmement précieux pour la communauté scientifique dans son ensemble et pour la communauté pasteurienne en particulier. Les équipes du CRBIP sont à votre écoute pour mettre les bioressources de leurs catalogues à votre disposition pour vos projets de recherche fondamentale et de recherche clinique.

 
Témoignages 

« Nous sommes ravis d'avoir mené à bien la première phase de ce projet phare à fort impact. Nous avons démontré nos capacités et notre expertise, ainsi que la fiabilité de nos processus en mode haut débit. »

Fay Betsou, responsable du CRBIP

 

« Ce projet a véritablement mis en lumière l’incroyable mobilisation et le dévouement dont a fait preuve l’équipe du CIP tout au long de son déroulement. Chaque membre s’est investi avec un engagement sans faille, veillant à ce que chaque étape de cette étude cruciale en matière de santé publique soit menée avec rigueur et précision. Cette réussite ne se résume pas à l’expertise technique, à la qualité et à la fiabilité des résultats ; elle a démontré notre capacité à travailler ensemble vers un objectif commun de santé publique. Le CIP est fier d’assurer la conservation en toute sécurité d’un nombre aussi important de souches clés de résistance aux antimicrobiens. »

Meriem Paris, responsable de la collection de l’Institut Pasteur

« Le projet de l’ECDC nécessite de gérer des opérations à haut débit et la complexité liée à la gestion multisite, tout en respectant des normes internationales strictes. De la réception sécurisée et de la caractérisation standardisée à la conservation et à la préparation pour le séquençage, nous garantissons une traçabilité totale et l’intégrité des échantillons. En fournissant des ressources biologiques adaptées aux besoins du réseau de l’ECDC, le CRBIP renforce la surveillance mondiale de la résistance aux antimicrobiens. L'extension prévue à P. aeruginosa souligne la confiance continue de l'ECDC et le rôle bien établi du CRBIP en tant que biobanque de référence transdisciplinaire au service de la science ouverte et de la sécurité sanitaire internationale. »

Camille Alizadeh, chef de projet CRBIP

« Acinetobacter baumannii résistant aux carbapénèmes est un agent pathogène d'importance majeure pour la santé publique en Europe. Les services fournis par le CRBIP, dans le cadre du contrat en cours avec l'ECDC, permettent directement à 36 pays de participer à l'enquête CRAb 2024-2025 de l'ECDC, en les aidant à soumettre des souches, en procédant à leur identification par MALDI-ToF et en réalisant des tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) sur un sous-ensemble de celles-ci. Ces activités du CRBIP permettent à l’ECDC de fournir aux représentants nationaux des informations destinées à soutenir leurs activités de préparation face à l’Acinetobacter baumannii résistant au carbapénème (CRAb), ainsi que de prévention et de contrôle des infections dans les hôpitaux de soins aigus.
De plus, j’ai grandement apprécié que le CRBIP ait également travaillé en étroite collaboration avec le laboratoire de développement de l’EUCAST (EDL) pour calibrer ses résultats de PAM en vue de l’enquête, et qu’il collabore avec l’EDL et l’EUCAST pour améliorer ses méthodologies de PAM. En conséquence, l’EUCAST a mis en ligne un large sous-ensemble des résultats des AST issus de cette enquête dans sa base de données publique, au bénéfice de l’ensemble de la communauté scientifique. J’apprécie sincèrement la compétence, l’esprit de service et l’efficacité de l’équipe, ainsi que son attitude amicale, collaborative et collégiale. »

Pete Kinross, interlocuteur ECD