PASTEUR2030
Meteor2 : une avancée majeure dans la cartographie multi-échelle du microbiote
L'Institut Pasteur et l'INRAE dévoilent un logiciel open-source pour analyser avec une précision inédite le microbiote intestinal, oral et cutané.
Une équipe conjointe de l’Institut Pasteur et de l’INRAE, au sein du projet de science participative Le French Gut, publie dans la revue Microbiome Meteor2, un logiciel open-source qui redéfinit les standards de l'analyse métagénomique. En lien avec les quatre priorités scientifiques du plan stratégique Pasteur 2030, cet outil intégré offre pour la première fois une caractérisation simultanée et fine des espèces, fonctions et souches microbiennes, exploitant ainsi pleinement le potentiel des données de séquençage shotgun.
Le microbiote, en particulier intestinal, constitue un écosystème extrêmement complexe, composé de milliers de micro-organismes – majoritairement des bactéries – dont l’analyse reste encore difficile en raison de sa diversité et de la forte proportion d’espèces non cultivables. Si le séquençage shotgun génère aujourd’hui des millions de fragments d’ADN, les outils existants n’en exploitent qu’une facette : taxonomie, fonctions, ou diversité des souches. Or, cette vision tronquée limite la compréhension des rôles précis du microbiote sur la santé. Meteor2 brise ces silos analytiques en permettant une caractérisation multifacette du microbiote et son impact sur la santé de l’hôte.
Grâce à des catalogues de gènes spécifiques à chaque écosystème, Meteor2 permet de profiler les échantillons sur ses trois niveaux :
Abondances des espèces : détection précise, y compris pour les espèces sous-dominantes ;
Potentiel fonctionnel : capacités métaboliques à l’échelle de l’échantillon global et de chaque espèce ;
Variabilité génétique des souches : identification des variants (SNV) permettant de distinguer les souches et mesurer les distances génétiques entre individus.
L’ensemble des étapes – du téléchargement automatique des catalogues à la génération des profils — est intégré dans Meteor2, ce qui en fait un outil simple d’utilisation, complet et accessible à tous les laboratoires.
Les benchmarks démontrent que Meteor2 surpasse les outils de référence actuellement utilisés par la communauté scientifique, notamment pour la détection et la quantification des espèces faiblement abondantes, un enjeu critique quand la profondeur de séquençage est limitée. Cette sensibilité accrue ouvre de nouvelles perspectives pour les études à grande échelle et les cohortes cliniques.
Les catalogues actuels couvrent les microbiotes humains (intestinal, oral et cutané) et les microbiotes intestinaux de sept espèces d’animaux de laboratoire, de compagnie ou d’élevage (souris, rat, chat, chien, poulet, lapin, cochon). Ces ressources s'enrichiront au fil des besoins de la communauté scientifique.