PASTEUR2030
Nouvelle école doctorale « MIcrobeS » : une structuration stratégique de la formation doctorale en microbiologie et maladies infectieuses
À la rentrée universitaire 2026, l’école doctorale MIcrobeS (Microorganismes et Infection) ouvrira officiellement à l’Université Paris Cité. Cette nouvelle structure de formation doctorale contribuera à renforcer durablement le partenariat étroit entre l’Université Paris Cité et l’Institut Pasteur, avec une ambition commune : former dès aujourd’hui une nouvelle génération de scientifiques capables de répondre aux grands défis des maladies infectieuses, grâce à un continuum de recherche allant des approches fondamentales aux applications cliniques et à la santé publique.
Découvrez la présentation complète de l’école doctorale MIcrobeS
Cette école doctorale (ED) constitue une continuité stratégique de la Graduate School One Health – Emerging Infectious Diseases (1H-EID), portée conjointement par l’Université Paris Cité et l’Institut Pasteur dans le cadre du plan France 2030. Elle s’inscrit également dans un écosystème plus large, aux côtés également de la Graduate School Antimicrobial Resistance (AntiRes) et de l'Institut Hors-Murs Microb'UP, renforçant la cohérence scientifique du site.
Une école doctorale au cœur des enjeux scientifiques et sanitaires contemporains
L’ED MIcrobeS s’organise autour de trois grands axes scientifiques :
Biologie des microorganismes, consacrée à la compréhension des mécanismes fondamentaux des bactéries, virus, champignons, parasites et autres microorganismes, de leur diversité à leur capacité d’adaptation ;
Interactions hôtes-microorganismes, qui explore les relations entre agents infectieux, microbiotes, systèmes immunitaires et mécanismes de résistance aux antimicrobiens ;
Maladies infectieuses et santé globale, dédiée aux approches innovantes en épidémiologie, diagnostic, prévention et thérapeutique dans une perspective intégrée de santé publique.
Comme le souligne Isabelle Martin-Verstraete, co-directrice de la future école doctorale :
« La création de l’ED MIcrobeS marque une étape importante pour l’Institut Pasteur et pour l’Université Paris Cité. Elle rassemble, au sein d’une même communauté de formation, les forces académiques en santé et en sciences de la vie qui contribuent à faire progresser les connaissances sur les microorganismes et les maladies infectieuses dans un continuum allant du fondamental au translationnel. Dans un contexte où les défis sanitaires mondiaux et les enjeux une seule santé sont plus que jamais au premier plan, cette nouvelle ED offrira aux doctorant(e)s un environnement scientifique d’excellence. »
Un travail collectif et un partenariat structurant entre l’Institut Pasteur et l’Université Paris Cité
La création de l’ED MIcrobeS est le fruit d’un important travail de co-construction entre les deux établissements. Mandatée par l’Université Paris Cité, Isabelle Martin-Verstraete* et Yazdan Yazdanpanah** ont porté le projet scientifique et institutionnel, assurant la définition du périmètre scientifique de l’ED, son organisation en trois axes et son modèle de gouvernance.
À l’Institut Pasteur, Monica Sala, directrice de l’enseignement, et Patrick Trieu-Cuot, directeur aux affaires scientifiques, ont accompagné dès l’origine la construction du projet, en cohérence avec l’ambition du plan stratégique Pasteur 2030 de rapprocher recherche fondamentale et recherche clinique. Olivier Cassar, responsable du bureau des doctorant(e)s au sein de la direction de l’enseignement de l’Institut Pasteur, a apporté un appui conceptuel avisé depuis le tout début du projet et assure à présent la coordination globale du déploiement du projet au niveau du campus. Il a notamment piloté l’articulation avec le Collège des écoles doctorales de l’Université Paris Cité, l’identification des HDRs et des équipes d’accueil concernées, la relecture critique du règlement intérieur et la préparation de la mise en œuvre opérationnelle, en lien étroit avec la direction scientifique et la gouvernance de la nouvelle ED. Jean-Michel Molina, directeur médical, est également pleinement mobilisé pour accompagner la réussite de cette nouvelle école doctorale, dans la continuité de l’engagement de la direction médicale en faveur d’un rapprochement renforcé entre recherche et clinique.
L’Institut Pasteur a donc joué un rôle majeur dans la conception et la structuration de cette nouvelle ED. Aux côtés de l’Université Paris Cité, l’Institut Pasteur accueillera environ 55 % des équipes d’accueil et des HDRs rattachées à l’ED MIcrobeS, et l’Institut participera activement à sa gouvernance, à l’organisation des concours doctoraux, au suivi des doctorant(e)s ainsi qu’à la définition de sa politique scientifique et de formation.
Des bénéfices concrets pour les scientifiques et les doctorant(e)s
Pour les scientifiques de l’Institut Pasteur, cette nouvelle ED offrira :
- un cadre pleinement aligné avec les thématiques de recherche en microbiologie et maladies infectieuses ;
- une gouvernance de proximité impliquant fortement les communautés scientifiques ;
- une meilleure visibilité des projets doctoraux en microbiologie et maladies infectieuses ;
- des interactions renforcées avec les équipes de microbiologie fondamentale, clinique et de santé publique de l’Université Paris Cité ;
- une politique de recrutement et de suivi doctoral harmonisée.
Pour les doctorant(e)s, l’ED MIcrobeS permettra de bénéficier :
- d’un environnement scientifique spécialisé et interdisciplinaire ;
- d’un accès à un réseau étendu d’équipes de recherche fondamentale et clinique de haut niveau ;
- d’un accompagnement tout au long du doctorat ;
- de formations adaptées aux métiers de la recherche, aux problématiques de santé publique et d’innovation ;
- d’un écosystème structuré autour des grands enjeux liés aux microorganismes et aux infections, en lien avec les Graduate Schools 1H-EID et AntiRes.
L’organisation en trois axes favorisera également les échanges entre communautés scientifiques travaillant sur des problématiques complémentaires.
Une mise en œuvre progressive au service des communautés scientifiques
Le déploiement de l’ED MIcrobeS se fera de manière progressive à partir de septembre 2026, à la suite de la publication de l’arrêté ministériel de création. Cette première phase opérationnelle sera consacrée à la mise en place de différentes instances de gouvernance de l’ED, avec la constitution du bureau et du conseil de l’ED, ainsi que la validation de son règlement intérieur. Elle s’accompagnera du rattachement progressif des équipes d’accueil et des HDRs souhaitant rejoindre l’ED, de la structuration des axes scientifiques, ainsi que de l’information et de l’accompagnement des doctorant(e)s et de leurs encadrant(e)s. Cette montée en charge sera conduite conjointement par la direction de l’enseignement et la direction aux affaires scientifiques de l’Institut Pasteur afin d’assurer une transition fluide et coordonnée.
La première promotion de doctorant(e)s de l’ED MIcrobeS sera ainsi accueillie à la rentrée universitaire 2026. L’année 2027 marquera ensuite le plein déploiement du dispositif suivi du lancement du concours doctoral au printemps 2027.
Une dynamique structurante pour le partenariat Institut Pasteur – Université Paris Cité
L’ED MIcrobeS contribue à clarifier et renforcer la visibilité d’un champ scientifique majeur, tout en structurant un continuum intégré entre formation, recherche et innovation. En fédérant les communautés scientifiques autour d’une ED lisible et ambitieuse, elle renforce l’attractivité internationale du site et consolide son positionnement dans les domaines de la microbiologie, de l’infectiologie et du concept une seule santé (One Health). Elle constitue un levier majeur pour la formation des scientifiques de demain et pour le développement de réponses innovantes aux défis sanitaires contemporains.
Comme le souligne Olivier Cassar, responsable du bureau des doctorant(e)s de l’Institut Pasteur :
« Cette ED contribuera à renforcer l’attractivité internationale des formations par la recherche à l’Institut Pasteur et à l’Université Paris Cité, en affirmant leur rôle de leader dans la formation des scientifiques de demain. Elle témoigne également du renforcement du partenariat stratégique entre les deux institutions, au service des grands enjeux de santé mondiale. »
*Isabelle Martin-Verstraete
Professeur de microbiologie, UFR des Sciences du Vivant, Faculté des Sciences, Université Paris Cité
Département de Microbiologie, Institut Pasteur (unité Pathogénèse des bactéries anaérobies)
Responsable du Master BMC-Microbiologie
Co-directrice du département Infectiologie-microbiologie de BioSPc
Co-responsable Graduate School « Antimicrobial Resistance » et « One Health Emerging Infectious Disease »
Membre du bureau de l’InIdex Microb’Ex
** Yazdan Yazdanpanah
PU-PH d’infectiologie, Bichat, APHP, Faculté de Santé
Infection Antimicrobials Modelling Evolution (IAME), INSERM UMR1137-Université Paris Cité
Directeur de l’ANRS Maladies Infectieuses Émergentes
Directeur de l’Institut thématique Immunologie, infectiologie, inflammation, microbiologie (I3M) de l’Inserm