À l’heure du Big Data, une nouvelle approche mathématique pour mesurer la fiabilité des arbres phylogénétiques

Une publication dans Nature de l’Institut Pasteur et du CNRS, en association avec des chercheurs d’Afrique du Sud, propose une nouvelle méthode de bootstrap phylogénétique. Cet article fait suite à l’une des publications les plus citées de l’histoire des sciences (plus de 35 000 citations), rédigée par Joseph Felsenstein en 1985. Cette publication décrivait la première méthode de bootstrap phylogénétique, qui depuis plus de 30 ans s’est avérée extrêmement utile et pertinente dans de très nombreux domaines. Cependant, avec l’arrivée des données biologiques massives et le séquençage à haut débit, la méthode de Felsenstein montre des limites sérieuses et s’avère souvent incapable de révéler le signal contenu dans les grands jeux de données. La méthode proposée par l’équipe d’Olivier Gascuel s’attaque précisément à cette limitation. L’article de Nature démontre ses performances sur de grands alignements de séquences issues des mammifères et du VIH-SIDA, ainsi que sur des simulations.

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