Ressources de calcul scientifique à l'Institut Pasteur

La direction des systèmes d’information (DSI) propose un service HPC (High Performance Computing), nommé TARS, composé à ce jour de 380 serveurs et de plus de 4 800 cœurs. Les nœuds de calcul sont de plusieurs catégories pour répondre à un éventail de besoins. La technologie évoluant, deux générations de nœuds cohabitent :
 

 
Cette infrastructure a un accès privilégié et haut débit avec les systèmes de stockage, comme Atlas (jusqu’à 10Gb/s par serveur). La DSI a également mis en œuvre un espace de stockage plus performant mais limité à 150TB, basé sur des cartes Full-Flash du constructeur PureStorage (/pasteur/scratch).

Un ensemble de logiciels bioinformatiques est tenu à jour par la DSI. Différentes versions de chaque logiciel cohabitent. Le catalogue de ces logiciels est disponible en ligne. Celui-ci peut être étendu sur demande auprès de la DSI (informatique@pasteur.fr). En complément des logiciels, la DSI propose un ensemble de données de références (genbank, index fasta, etc.) dont la liste est consultable à l’adresse https://biomaj.pasteur.fr

Des statistiques d’utilisations du cluster HPC sont disponibles en ligne.

Pour utiliser cette infrastructure, il est demandé de suivre un MOOC élaboré par la DSI. Suite à la validation des connaissances dans le questionnaire du MOOC, il suffit d’envoyer une demande à informatique@pasteur.fr pour qu’un compte soit créé.

Une liste d’informations (cluster-users@pasteur.fr) est utilisée pour permettre à la DSI d’informer les utilisateurs sur le cycle de vie du HPC. Le MOOC comporte également un Wiki, avec des réponses aux questions les plus fréquemment posées.

Il est également possible, pour les unités ayant de forts besoins en capacité de calcul, d’acquérir des nœuds, selon les configurations ci-dessus, qui seront intégrés au HPC et maintenues par la DSI. Ces unités auront un accès prioritaire et immédiat à ces nœuds.