PASTEUR2030
Lancement du programme intégratif sur le microbiome : pour une compréhension intégrative des interactions entre l'hôte et ses microbiomes
La direction générale et la direction des affaires scientifiques ont le plaisir d’annoncer le lancement du programme intégratif sur le microbiome (Integrative Microbiome Program at Pasteur - IM2P). Son déploiement et son animation se feront sous la responsabilité de Benoit Chassaing, responsable du G5 Interactions microbiome-hôte, en étroite collaboration avec les équipes de l’ensemble des départements du campus dont la recherche inclut l'étude et la compréhension des microbiotes.
Plongée au sein des microbiotes, au cœur des microbiomes
Les diverses communautés microbiennes abritées au sein de l’organisme humain - rassemblées sous le terme de microbiotes - se révèlent être des déterminants fondamentaux de la santé mais aussi de nombreuses pathologies. Composés de bactéries, de champignons, de protozoaires et de bactériophages, ces écosystèmes complexes fonctionnent comme des organes auxiliaires, renfermant un répertoire génétique qui dépasse largement le génome humain. Au cours des deux dernières décennies, ce domaine est passé d’un recensement descriptif à des études fonctionnelles et mécanistiques, mettant en lumière le rôle des microbiotes sur la protection contre certaines bactéries pathogènes, le métabolisme, le système immunitaire, le développement neurologique, le comportement, etc…
Depuis le premier séquençage métagénomique du microbiote intestinal humain, les recherches se sont accumulées, démontrant que ces communautés microbiennes ne sont pas de simples « colocataires », mais bel et bien des agents actifs de l'homéostasie physiologique. Plus remarquable encore, ces communautés se révèlent être de vrais « médicaments vivants » : l'exemple le plus abouti étant la transplantation fécale, qui offre des guérisons durables dans les infections récurrentes à Clostridioides difficile. Et, à la vue des recherches actuelles et des essais cliniques en cours, il apparait clairement que ce n’est qu’un début !
Une thématique transversale par excellence
À l'Institut Pasteur, l'étude des interactions hôte-microbe s'appuie sur une convergence unique de disciplines : microbiologie moléculaire, infectiologie, immunologie, neurosciences et biologie computationnelle, entre autres. Cet environnement multidisciplinaire permet une étude intégrative et exhaustive de la communication entre les microbiotes et leur hôte, tant en santé que dans le contexte pathologique.
Ainsi, les études du microbiote embrassent :
les interactions hôte-pathogène-microbiote : via des modèles expérimentaux visant notamment à comprendre comment le microbiote influence la susceptibilité aux maladies infectieuses,
les interactions environnement-microbiote : via des essais cliniques et des modèles pré-cliniques visant à comprendre le rôle de facteurs environnementaux, notamment l’alimentation, sur les microbiotes et la promotion de maladies chroniques,
l’intégration multi-omique : via l’utilisation de métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique et de protéomique,
la gnotobiologie : via l’établissement de lignées de souris dépourvues de microorganismes (axéniques) et des modèles de colonisation gnotobiotique visant à établir un lien de causalité entre des souches microbiennes spécifiques et les phénotypes de l'hôte,
la culturomique : via des protocoles avancés d'isolement et de caractérisation des bactéries anaérobies, notamment celles associées aux tissus de l’hôte.
Un programme multi-expertises dédié au microbiome
Afin de coordonner ces diverses activités représentées sur le campus et d'accélérer les avancées scientifiques, l'Institut Pasteur a décidé de créer le programme intégratif sur le microbiome (Integrative Microbiome Program at Pasteur - IM2P). Ce programme fera désormais office de centre stratégique pour la recherche liée au microbiote sur le campus. Ce nouveau programme a notamment pour objectifs de favoriser de nouvelles collaborations scientifiques, industrielles et philanthropiques ambitieuses, ainsi que de consolider la recherche intégrative et translationnelle sur le microbiome en développant la transversalité entre les équipes. Il porte l’ambition de positionner l'Institut Pasteur comme un leader mondial de la recherche sur cette thématique, dans un moment où le microbiome est confronté à une transition clinique.
Benoit Chassaing, responsable du G5 Interactions microbiote-hôte, aux côtés de plusieurs acteurs pasteuriens, experts du domaine, et en interaction avec les porteurs des priorités scientifiques et la direction aux affaires scientifiques, devient le responsable de ce programme d’envergure qui intègrera d’étroites collaborations avec certains instituts de recherche, tel que l’Institut Imagine, l’Institut Curie, ou l’Institut Gustave Roussy, ainsi que des structures hospitalières telle que l’AP-HP. Le service de la programmation et des actions incitatives scientifiques (SPAIS) soutient d’ores et déjà ce nouveau programme par le biais d'un accompagnement spécifique de l’ensemble des équipes impliquées.
Plusieurs rendez-vous et temps forts sont déjà programmés pour partager l’état des connaissances et renforcer le lien entre les acteurs internes et externes de ces champs d’investigations autour du microbiome. Soyez prêts à glisser ces rendez-vous dans vos agendas !!
Le premier du genre, intitulé « Feed your microbiome » aura lieu le 8 avril prochain, à 12h, au sein de l’auditorium François Jacob, en présence de Kelsey Huus, Principal Investigator Assistant Professor, School of Nutrition Sciences Diet, Microbiome, and Human Immune Health Laboratory, University of Ottawa, ON, au Canada et Maeva Duquesnoy, étudiante en thèse au sein du G5 Interactions microbiote-hôte. Ces deux chercheuses interviendront pour présenter leurs travaux sur la relation entre le microbiote et la vaccination. (cf. plus bas).
Pour toute question concernant des approches techniques spécifiques, des opportunités de collaboration ou pour rejoindre ce réseau scientifique, n'hésitez pas à contacter l’adresse suivante : PilotageMicrobiomeProgram@pasteur.fr
Trois questions à Benoit Chassaing, responsable du programme intégratif sur le microbiome
1- Pouvez-vous décrire le travail mené et les étapes majeures depuis deux ans afin de parvenir à la mise en place de ce programme et éclairer sur les enjeux d’une telle démarche ?
« Il y a deux ans, le constat était clair : une quarantaine d’équipes pasteuriennes d’excellence travaillant sur le microbiote, mais de manière fragmentée. J’ai donc cartographié ces forces pour révéler une évidence stratégique : le microbiote est un moteur transversal qui recoupe naturellement les quatre priorités scientifiques du plan stratégique Pasteur 2030 - des menaces infectieuses (colonisation/résistance) aux transitions environnementales, en passant par les origines des maladies et la santé tout au long de la vie.
Cette démarche a mobilisé la direction générale, la direction aux affaires scientifiques et le SPAIS, et va rapidement mobiliser les experts du campus et des partenaires clés (Imagine, Curie, AP-HP). Les enjeux sont triples : scientifiques (lancer de nouveaux projets collaboratifs, mais aussi et surtout intégratifs et translationnels, afin de faire de l’Institut Pasteur un contributeur majeur des applications cliniques du microbiote), humains (créer un aimant à talents et participer à la monter en compétences de nos jeunes chercheuses et chercheurs) et financiers (viser ensemble les grands appels internationaux et partenariats public-privé sur le domaine du microbiote). »
2- Combien d’entités seront actrices du programme et comment s’inscrit cette nouvelle organisation au sein des différentes priorités scientifiques du plan stratégique Pasteur 2030 ?
« Le programme fédère une quarantaine d’équipes du campus, réunissant microbiologistes, immunologistes, neuroscientifiques, bio-informaticiens... Cette organisation transversale irrigue directement les quatre priorités de Pasteur 2030 : des menaces infectieuses (résistance aux antibiotiques, impact des écosystèmes sur certaines infections bactériennes ou virales) aux transitions environnementales et nutritionnelles, des origines des maladies (inflammation, métabolisme, neurodégénérescence) à la santé tout au long de la vie (microbiote vaginal, développement périnatal, vieillissement). De nombreuses équipes pourront ainsi contribuer, via leurs ancrages scientifiques, à cette vision intégrée et translationnelle. »
3- Quels rendez-vous et animations auprès des acteurs et des collaborateurs seront proposés à court, moyen et long terme pour entremêler communautés microbiennes et communauté pasteurienne ?
« À court terme, la série « Feed your microbiome » se tiendra tous les deux mois (et ce dès le 8 avril avec Kelsey Huss et Maeva Duquesnoy), mêlant chercheurs pasteuriens juniors et experts internationaux invités dans une ambiance conviviale et autour d’une thématique claire (et d’une pause repas). À moyen terme, un "conclave” réunira cet automne les PIs du campus et des leaders internationaux afin de collectivement définir la direction que doit prendre la recherche microbiote sur le campus lors des 20 prochaines années. Enfin, un symposium international de lancement fin d’année placera officiellement l’Institut Pasteur sur la carte des grands centres mondiaux du microbiome ! »
Zoom sur : Premier rendez-vous « Feed your microbiome », le mercredi 8 avril à 12h
À l’occasion de son lancement, le programme intégratif sur le microbiome de l’Institut Pasteur démarre une série de rendez-vous intitulée « Feed Your Microbiome ». Proposés tous les deux mois, ces temps seront l'occasion de partager connaissances, expertise et dernières avancées scientifiques sur le microbiome dans une ambiance détendue, en présence d'un ou d’une intervenant(e) invité(e) et d'un ou d’une chercheur(se) de l'Institut Pasteur.
Le premier rendez-vous du genre se tiendra le mercredi 8 avril, à 12h, au sein de l’auditorium François Jacob. Kelsey Huss, Principal Investigator Assistant Professor, School of Nutrition Sciences Diet, Microbiome, and Human Immune Health Laboratory, University of Ottawa, ON, au Canada et Maeva Duquesnoy, étudiante en thèse au sein du G5 Interactions microbiote-hôte, interviendront pour présenter leurs travaux sur la relation entre le microbiote et la vaccination.
S’inscrire
Ce rendez-vous sera suivi d'une dégustation de pizzas pour satisfaire à la fois votre curiosité scientifique et votre microbiote intestinal.
Et restez à l’écoute du BIP pour les prochains rendez-vous du programme intégratif sur le microbiome de l’Institut Pasteur.